U zajedničkoj optužnici protiv Karađića i Mladića koju je podigao tužitelj Međunarodnog suda za bivšu Jugoslaviju, Richard J. Goldstone, optuženi Radovan Karadžić u funkciji predsjednika administracije bosanskih Srba na Palama imao je ovlasti “zapovjedništva nad vojskom administracije bosanskih Srba u ratu i miru i ovlast da imenuje, unapređuje i razrješava dužnosti vojne časnike.”
Optuženi su za : “zločin genocida, zločine protiv čovječnosti i zločine koji su počinjeni nad civilnim stanovništvom i vjerskim objektima na čitavom području Republike Bosne i Hercegovine, za zločine koji se odnose na snajpersku kampanju nad civilima u Sarajevu i zločine vezane uz uzimanje mirovnih snaga UN–a za taoce.
Civili, bosanski Muslimani i bosanski Hrvati progonjeni su na nacionalnoj, političkoj i vjerskoj osnovi u cijeloj Republici Bosni i Hercegovini. Na tisuće ih je bilo zadržano u mjestima zatočenja gdje su bili podvrgnuti rasprostranjenim pojavama fizičkog i psihičkog zlostavljanja i neljudskim uvjetima.
Radovan Karadžić i Ratko Mladić u razdoblju između travnja 1992. i srpnja 1995., svojim su djelima i propustima i u dogovoru s drugima počinili zločin protiv čovječnosti – krivično su odgovorni za protuzakonito zatvaranje, ubojstva, silovanje, seksualno zlostavljanje, mučenje, batinanje, pljačku i neljudsko postupanje prema civilima; za progon političkih vođa, intelektualaca i stručnjaka; za protuzakonite deportacije i premještanja civila; za protuzakonito granatiranje civila; za prisvajanje i pljačku nekretnina i osobne imovine; za uništavanje privatnih i poslovnih prostorija; te za uništavanje vjerskih objekata.”
U daljnjem tekstu optužnice navode se imena napadnutih mjesta, datumi granatiranja ili datumi uništenja sakralnih objekata, mjesta pogibije ili ranjavanja civila i lokacije logora. Ističe se da je sve to činjeno “prema uputama i pod nadzorom RADOVANA KARADŽIĆA i RATKA MLADIĆA, da su “znali ili su imali razloga znati”, “propustili poduzeti potrebne i odgovarajuće mjere kako bi spriječili takve radnje ili kaznili počinitelje” ili najgore – “da su planirali, poticali, naređivali ili drugačije potpomagali i sudjelovali u planiranju, pripremi ili izvršenju” nekih od navedenih zločina.
Optužnica je podignuta u srpnju 1995. godine. Prošlo je 13 godina. Karadžić je uhićen.